五台校区学生公寓综合楼改建项目建设前期准备工作于2018年8月开始启动，经学校、拆除公司、街道的共同努力，原4栋学生宿舍拆除工作在8月完成。但由于环保的限制，直到10月15日才取得渣土外运许可证。
为了确保安全，快速将渣土运出学校，后勤管理处于10月17日召开了渣土外运协调会，李建清副校长亲自参加，会议对运输路线、道路照明和防护、安全保障、防尘降噪等进行了认真的讨论，会议决定成立工作指挥部，在运输沿途，学生公寓等显著位置放置告示牌，并向师生发一封信，希望得到师生的理解和支持。
渣土外运工作于2018年10月25日晚正式开始，根据南京市环保局核发的夜间施工核准书的要求，施工时间只能为晚22点至次日6点，运2天停3天。总体清运时间预计耗时一个月左右。
